一:RNA降解
A.组织取出后没有马上处理或冷冻;细胞生长过度
B.样品或提取的RNA沉淀保存于-5--20℃,未在-60--70℃保存。
C.细胞在胰酶处理时被破坏或匀浆中组织或细胞成分未*分散,样品中RNA酶未*灭活。。
D.溶液或离心管未经RNase去除处理。Tip头、离心管、贮存管受RNA酶污染。
E.电泳时使用的甲酰氨pH低于3.5
F.样品存放时间太长,裂解液中b-ME不足;
二:DNA污染
A:操作不规范
B.样品中含有组织溶剂(如乙醇,DMSO等),强缓冲液或碱性
溶液。
C.样品匀浆时加的试剂体积太少或样品量太多,污染有机物和中
间相。
D:在转录特别活跃的细胞破碎过程中,由于某种原因一部分mRNA与DNA、蛋白质形成了聚合体的形式.Trizol不能分离这种聚合体,从而造成了在所提取的RNA中有少量基因组DNA的污染.在这种情况下可以用无RNAse的DNAse处理,Trizol再次抽提或蛋白酶K消化后再用酸性苯酚抽提。
三:蛋白和多糖污染
离心去上清后得到的RNA沉淀经以下操作应可去除这些污染:在上一步中,每使用1ml Trizol,在水相中加0.25ml异丙醇和0.25ml高盐溶液(0.8M柠檬酸钠和1.2 NaCl)。混合,离心,然后按照操作进行。这种方法可使蛋白多糖和多糖留在溶液中,而沉淀出纯RNA。从植物中提取RNA时,应在匀浆后离心,并加上以上操作步骤。