细胞出现空泡的原因很多，可以归结为细胞老化和衣原体感染两个主要原因。
1，细胞老化。
原代细胞培养的过程中经常出现这样的情况，是有些细胞处于终末分化状态，不会再分裂，时间长了就会空泡化而死亡。传代细胞出现这种状况比较少见，可能的原因是细胞代龄较长，老化严重。
2，衣原体感染。
一旦一些细胞出现空泡化，继续培养，空泡范围会扩大，即使传代后也如此，出现这种情况，细胞基本无法挽救。后来检测发现，此种细胞存在衣原体的感染。衣原体广泛寄生于人、哺乳动物及禽类。
附衣原体特性：
衣原体有其*的生活周期，种间无差异。原体在宿主细胞外较为稳定，但具有高度的感染性。当与易感细胞接触时，以吞饮的方式进入细胞内，由宿主细胞膜包围原体而形成空泡，在空泡内的原体增大，发育成为始体。始体在空泡以二分裂形式繁殖，在空泡内形成众多的子代原体，构成各种形态的包涵体。包涵体的形态、在细胞内存在的位置、染色性等特征，有鉴别衣原体的意义。成熟的子代原体从宿主细胞释放出来，再感染其他的宿主细胞，开始新的发育周期。每个发育周期约需40小时。始体是衣原体周期中的繁殖型，而不具有感染性。
3,其它原因：有的文献说感染病毒会出现空泡。支原体感染，但细胞空泡化不会太明显，细胞间可见大量小黑点。血清的浓度和质量不够、pH偏酸、药物作用等影响细胞代谢。
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