潮霉素B的应用：
1）筛选和维持培养稳定转染Hph+载体的原核细胞或真核细胞（植物细胞和哺乳动物细胞）；
2）由于作用模式的差异，常与G418（GeneticinTM），Zeocin™ 和blasticidin S联合使用，筛选稳定转染两个不同载体的细胞株
3）抗病毒剂，由于潮霉素B选择性渗透进入因病毒感染增强通透性的细胞，而且具有抑制翻译的功效；
4）作为驱虫药加入动物饲料；哺乳动物细胞选择的有效浓度通常是50μg/ml-1 mg/ml之间；对于植物细胞，其有效浓度是20–200μg/ml；对于细菌，有效浓度是20–200μg/ml；对于真菌，有效浓度是200μg–1 mg/ml。
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